元军在首次征战日本中失败的原因主要是低估了日本武士的勇猛程度。

当时的元军出征日本，士气高涨，信心满满。他们以为日本武士不过是东瀛之国的土著，对他们的战斗力完全没有重视。然而，一旦元军踏上日本的土地，他们才发现他们的判断是多么错误。

日本武士虽然人数众多，但却个个武艺高强，在战场上非常勇猛。他们训练有素，充满了战斗的热情和荣誉感。与元军相比，他们更具有战斗力，更具有激情与决心。

另外，日本武士还善于运用地理环境，合理利用山地、水道等地势，从而获得了战场上的优势。他们熟悉本土战争的特点和地理环境，能够灵活应对，并运用自己的独特战术打击元军的弱点。

此外，元军对于日本武士的装备和战术也缺乏了解。日本武士所配备的刀剑在近战战斗中的威力远远超过元军的长兵器。而且，他们还采取了忍者等特殊的战术手段，给元军制造了很大的困扰。

因此，元军在首次征战日本中失败的原因主要是低估了日本武士的勇猛程度。他们没有预料到日本武士是多么强大，也没有对对手进行充分的研究和准备。这次失败让元军深刻认识到了自己的不足，也让他们在后来的战斗中吸取了宝贵的教训。